Μοριακή προσομοίωση της αντιμικροβιακής δράσης μικρών πεπτιδίων που απαντώνται στη φύση

Επίβλεψη - Επιστημονική Συνεργάτιδα: Δρ. Κατερίνα Καραδήμα (kkaradima@chemeng.upatras.gr)

Συνοπτική περιγραφή: Η αντοχή των βακτηρίων στα αντιβιοτικά αποτελεί σημαντική απειλή για την παγκόσμια υγεία και έχει οδηγήσει στην αναζήτηση καινοτόμων αντιβακτηριδιακών παραγόντων, ανάμεσα στους οποίους συγκαταλέγονται και τα αντιμικροβιακά πεπτίδια (ΑΜΠ). Τα ΑΜΠ είναι μικρά, κατιονικά, αμφίφυλα μόρια και φαίνεται ότι είναι δομικά παρόμοια με τα κατιονικά πεπτίδια κυτταρικής διείσδυσης. Ο μηχανισμός της δράσης τους δεν έχει διευκρινιστεί, αλλά πιστεύεται ότι στοχεύουν κυρίως στη βακτηριακή κυτταρική μεμβράνη, καθώς πολλές μελέτες έχουν δείξει ότι η επιτυχία της δραστηριότητας των AMΠ οφείλεται στην ικανότητά τους να συγκεντρώνονται στην επιφάνεια της μεμβράνης των βακτηρίων, ή να διαρρηγνύουν τη βακτηριακή κυτταρική μεμβράνη και να διεισδύουν στο ενδοκυτταρικό μέρος. Στο παραπάνω πλαίσιο, με χρήση προσομοιώσεων μοριακής δυναμικής (ΜΔ) θα μελετηθεί η ικανότητα μικρών πεπτιδίων να διεισδύσουν σε φωσφολιπιδιακή μεμβράνη, που λειτουργεί συχνά ως εμπόδιο διαπερατότητας και μιμείται βακτηριακές κυτταρικές μεμβράνες. Τα πεπτίδια που θα χρησιμοποιηθούν αποτελούνται από αλληλουχία 10-40 αμινοξέων και προκύπτουν ως φυσικά παράγωγα. Με τη βοήθεια της ΜΔ θα μελετηθούν οι δομικές ιδιότητές τους και οι αλληλεπιδράσεις τους με τη μεμβράνη, με τελικό στόχο να εξεταστεί η ικανότητά τους να διαπεράσουν τη μεμβράνη.

Προϋποθέσεις: Άριστη γνώση της Fortran