Μελέτη της μοριακής δομής και διαμόρφωσης μικρών, μη κανονικών πεπτιδίων με τη βοήθεια μοριακών προσομοιώσεων

Συνοπτική περιγραφή: Τα τελευταία έτη έχει ταυτοποιηθεί μια καινούργια κατηγορία αντιμικροβιακών πεπτιδίων (ΑΜΠ) από φυσικά παράγωγα με έντονη δράση που όμως χαρακτηρίζονται από μη κανονική δομή (απουσία δομικών στοιχείων α-έλικας ή β-φυλλώσεων). Στην παρούσα διπλωματική εργασία θα κάνουμε χρήση λεπτομερών προσομοιώσεων μοριακής δυναμικής (ΜΔ) ώστε να αποφανθούμε για την τρι-σδιάστατη  δομή αυτών των πεπτιδίων και πως αυτή συγκρίνεται με τα ευρήματα πειραματικών μετρήσεων (όπου υπάρχουν διαθέσιμα τέτοια δεδομένα). Τα πεπτίδια που θα μελετηθούν αποτελούνται από μικρό αριθμό (10-40) αμινοξέων, συγκεκριμένης και πολύ αυστηρής αλληλουχίας αμινοξέων. Έτσι, σ' ένα δεύτερο στάδιο, θα μελετήσουμε και πως τα ευρήματα της μοριακής δυναμικής επηρεάζονται από πιθανές μικρές διαφοροποιήσεις στην αλληλουχία αυτών των πεπτιδίων (δηλ. από μεταλλάξεις τους). 

Προϋποθέσεις: Πολύ καλή γνώση της Fortran