Σεμινάριο Τμήματος ΧΜ 2025-Καθ. Γεώργιος Μπουλουγούρης (Τμήμα μοριακής βιολογίας και γενετικής, ΔΠΘ)

Περίληψη

In this talk, I will present an overview of the methods developed over the years for modeling physical, chemical, and biological systems in the Laboratory of Computational Physical Chemistry at the Molecular Biology and Genetics Department. These methods include:

• Developing Methods Based on First-Principles Statistical Mechanics for Molecular Simulation:

– Atomistic modeling of glass relaxation.

– Estimation of chemical potentials in molecular simulations.

– Estimation of free energies in molecular simulations.

– Enhancement of statistical ensemble averages.

– Determination of molecular accessible surface and inaccessible volume; molecular building tools.

– Modeling drug–protein interactions.

• EROPHILE:

– A geometrical representation framework for statistical mechanics.

• Modeling Stochastic Dynamics:

– Development of the Event Horizon Kinetic Monte Carlo approach, an extension of the Gillespie event-driven algorithm for simulating stochastic systems using Kinetic Monte Carlo.

– Statistical inference of rate constants in stochastic reaction networks by reconstructing the key distributions underlying the Gillespie algorithm.

Σύντομο Βιογραφικό Ομιλητή

Ο Γεώργιος Μπουλουγούρης είναι Χημικός Μηχανικός με διδακτορικό δίπλωμα από το τμήμα Χημικών Μηχανικών του Ε.Μ.Π. το οποίο εκπονήθηκε σε συνεργασία με το ερευνητικό κέντρο Ε.Κ.Ε.Φ.Ε. «Δημόκριτος». Είναι Αναπληρωτής Καθηγητής Χημείας-Φυσικοχημείας, στο τμήμα Μοριακής Βιολογίας και Γενετικής του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης καθώς και διευθυντής του εργαστηρίου υπολογιστικής φυσικοχημείας στο ίδιο τμήμα. Έχει εργαστεί ως μεταδιδακτορικός ερευνητής σε σειρά οργανισμών (Atomic and Molecular Physics (AMOLF) της Ολλανδίας, το Ε.Κ.Ε.Φ.Ε. «Δημόκριτος», το Ε.Μ.Π.), ενώ η έρευνα του έχει χρηματοδοτηθεί μέσω υποτροφιών όπως Marie Curie Individual fellowship, και Marie Curie reintegration grand, αλλά και μέσω της συμμέτοχής σε εθνικά και ευρωπαϊκά προγράμματα. Στην έρευνα του κ. Γ.Μ. δίνεται ιδιαίτερη έμφαση στην πρόβλεψη των μακροσκοπικών ιδιοτήτων της ύλης, ξεκινώντας από το μοριακό επίπεδο. Αυτό επιτυγχάνεται μέσω της χρήσης μοριακών προσομοιώσεων, καταστατικών εξισώσεων και στατιστικής μηχανικής, με στόχο τη σύνδεση και την καλύτερη κατανόηση της σχέσης μεταξύ χημικής σύστασης και μοριακής δομής της ύλης.